Neodarvinistički model koji se danas označava kao teorija evolucije zagovara da je život evoluirao kroz dva naturalistička mehanizma: "prirodna selekcija" i "mutacija". Osnovna tvrdnja teorije je da su "prirodna selekcija i mutacija dva komplementarna mehanizma". Porijeklo evolucionih promjena su slučajne mutacije koje se odigravaju u genetskoj građi živih bića. Osobine prouzrokovane mutacijama selektiraju se mehanizmom prirodne selekcije i stoga živa bića evoluiraju.

Kada dalje ispitamo ovu teoriju, nalazimo da takav evolucioni mehanizam uopće ne postoji, zato što niti prirodna selekcija, a niti mutacije nimalo ne doprinose tvrdnji da su različite vrste evoluirale i da su se transformirale jedna u drugu.

Kao jedan prirodni proces, prirodna selekcija je bila poznata biolozima i prije Darwina. Oni su ga definirali kao "mehanizam koji drži vrste nepromjenjivim, tj. bez da budu ‘pokvarene’". Darwin je bio prva osoba koja je postavila tvrdnju da ovaj proces ima evolucionu snagu, i on je onda podigao čitavu svoju teoriju na temelju ove tvrdnje. Ime koje je dao svojoj knjizi ukazuje da je prirodna selekcija bila baza njegove teorije - Porijeklo vrsta putem prirodne selekcije...

Međutim, od Darwinova vremena nije bilo niti jedne jedine trunke dokaza koja bi pokazala da prirodna selekcija navodi živa bića da evoluiraju. Colin Patterson, glavni paleontolog u Museum of Natural History u Engleskoj, koji je, usput, također istaknuti evolucionista, naglašava da nikada nije uočeno da prirodna selekcija ima snagu da navede bića da evoluiraju:

Niko, nikada nije proizveo neku vrstu mehanizmom prirodne selekcije. Niko, nikada nije došao ni blizu toga i većina trenutnih rasprava u neodarvinizmu je u vezi s ovim pitanjem.11

Prirodna selekcija podrazumijeva da će ona živa bića koja su prilagođenija prirodnim uvjetima svoje sredine prevladati tako što će njihovo potomstvo preživjeti, dok će ona koja su nesposobna nestati. Naprimjer, u jednom krdu jelena, pod prijetnjom divljih životinja, prirodno je da će preživjeti oni koji brže trče. To je istina. Ali, bez obzira koliko dugo ovaj proces trajao, on neće transformirati ove jelene u neku drugu živu vrstu. Ovi jeleni će uvijek ostati jeleni. Kada pogledamo na nekoliko incidenata koje evolucionisti predstavljaju kao uočene primjere prirodne selekcije, vidimo da oni nisu ništa drugo do jednostavni pokušaji obmane.

Godine 1986. Douglas Futuyma objavio je knjigu Biology of Evolution (Biologija Evolucije), koja je prihvaćena kao jedan od izvora koji na najeksplicitniji način objašnjava teoriju evolucije putem prirodne selekcije. Najčuveniji od njegovih primjera o ovoj temi je onaj o boji noćnih leptirova, koji su pocrnjeli za vrijeme Industrijske revolucije u Engleskoj.

Prema izvještaju, u vrijeme početka Industrijske revolucije u Engleskoj, boja kore drveća oko Mančestera bila je sasvim svijetla. 

Zbog ovoga su leptirovi tamne boje koji su prebivali na ovom drveću mogli lahko biti primijećeni od ptica koje su se njima hranile i zbog toga su oni imali veoma malu šansu za preživljavanje. Pedeset godina kasnije, kao rezultat zagađenja, kora na drveću je potamnjela i ovoga puta leptirovi svijetle boje postali su najčešća meta ptičjeg lova. Kao rezultat, broj leptirova svijetle boje je opao, dok se broj leptirova tamne boje uvećao, budući da oni tada nisu mogli lahko biti zamijećeni od ptica. Evolucionisti koriste ovo kao veliki dokaz za svoju teoriju. Evolucionisti su, na drugoj strani, našli utočište i utjehu u bacanju prašine u oči, pokazujući kako su leptiri svijetle boje evoluirali u leptire tamne boje.

Primjer "leptira Industrijske revolucije" promoviran je kao najveci dokaz za evoluciju putem prirodne selekcije. Medutim, evolucija ne dolazi u obzir u ovom primjeru, iz razloga što nije formirana nova vrsta leptira. Na lijevoj slici su drvece i leptiri u vrijeme prije Industrijske revolucije, a na desnoj strani iz doba poslije Industrijske revolucije.

Međutim, trebalo bi biti potpuno jasno da ovaj fenomen ne može ni na koji način biti korišten kao dokaz za teoriju evolucije zbog toga što prirodna selekcija ne proizvodi nove oblike koji nisu postojali ranije. Leptiri tamne boje postojali su u cjelokupnoj populaciji leptirova i prije Industrijske revolucije. Jedino što se promijenilo bila je relativna proporcija postojećih varijacija (tipova) u populaciji leptirova. Leptiri nisu stekli novu osobinu ili jedan organ koji bi uzrokovao promjenu vrste - odnosno stvaranje posebne vrste. Da bi se jedan leptirstransformirao u drugu živu vrstu, pticu naprimjer, trebali bi biti učinjeni novi dodaci genima. To jest, trebao bi biti unesen jedan potpuno odvojen genetski program na način da se uključi nova informacija o fizičkim osobinama ptica.

Ukratko, prirodna selekcija nema sposobnost dodati jedan novi organ nekom živom organizmu, ukloniti jedan organ, ili izmijeniti organizam u drugu vrstu - što je sasvim suprotno od slike koju evolucionisti pretpostavljaju. "Najveći" dokaz koji je predstavljen od Darwinova doba nije bio u stanju otići dalje od "industrijskog melanizma" kod leptirova u Engleskoj.

Ne postoji ništa što prirodna selekcija doprinosi teoriji evolucije zato što ovaj mehanizam nikada ne može povećati ili poboljšati genetsku informaciju jedne vrste. Niti može transformirati jednu vrstu u drugu: jednu morsku zvijezdu u ribu, ribu u žabu, žabu u krokodila ili krokodila u pticu. Najveći branitelj "puncuated equilibriuma", Gould, ukazuje na ovaj ćorskokak prirodne selekcije sljedećim riječima:

"Suština darvinizma leži u jednoj jedinoj frazi: prirodna selekcija je kreativna snaga evolucione promjene. Niko ne poriče da će prirodna selekcija igrati jednu negativnu ulogu u eliminiranju nesposobnih. Međutim, Dar-winova teorija zahtijeva da prirodna selekcija isto tako stvara sposobne."12

Još jedan od intrigantnih mehanizama koje evolucionisti upošljavaju u vezi s prirodnom selekcijom je njihov napor da predstave ovaj mehanizam kao jednog svjesnog dizajnera. Međutim, prirodna selekcija nema svijesti. Ona ne posjeduje jednu volju koja može odlučiti šta je dobro, a šta loše za živa bića. Kao rezultat toga, prirodna selekcija ne može objasniti biološke sisteme i organe koji imaju karakteristiku "nesvodljive kompleksnosti". Ovi sistemi i organi sastavljeni su od saradnje jednog velikog broja dijelova i oni nisu ni od kakve koristi čak ako bi i samo jedan od ovih dijelova nedostajao ili bio defektan. (Naprimjer, ljudsko oko ne može se uprostiti pošto ono ne funkcionira osim ako nije objedinjeno sa svim svojim detaljima). Zbog toga bi volja koja okuplja sve ove dijelove zajedno trebala biti u stanju unaprijed predvidjeti budućnost i usmjeriti se direktno na korist koja bi trebala biti postignuta tek na zadnjem stadiju (evolucije). Ova činjenica, koja isto tako ruši osnove teorije evolucije, također je zabrinjavala i Darwina: "Ako bi moglo biti demonstrirano da je postojao bilo kakav kompleksni organ, za koji bi bilo nemoguće da bude formiran brojnim, uzastopnim, laganim modifikacijama, moja teorija bi apsolutno bila srušena."13

Prirodna selekcija jedino selektira, tj. odbacuje unakažene, slabe ili nesposobne individue jedne vrste. Ona ne može proizvesti nove vrste, nove genetske informacije ili nove organe. To jest, ona ništa/nikoga ne može navesti da evoluira. Darwin je prihvatio ovu realnost rekavši: "Prirodna selekcija ne može uraditi ništa dok se pogodne varijacije slučajno ne dogode."14 To je ono zbog čega je neodarvinizam, pored prirodne selekcije, morao istaći mutacije kao "uzrok blagotvornih promjena". Međutim, kao što ćemo vidjeti, mutacije jedino mogu biti "uzrokom štetnih promjena".