Korijeni evolucije sežu to liko duboko koliko i jedno dogmatsko vjerovanje koje pokušava negirati postojanje kreacije (stvaranja). Većina paganskih filozofa u antičkoj Grčkoj branila je teoriju evolucije. Ako pogledamo historiju filozofije vidjet ćemo da ideja evolucije čini kičmu mnogih paganskih filozofija. Međutim, nije paganska filozofija, nego je vjera u Boga bila ta koja je odigrala tu stimulativnu ulogu u rađanju i razvoju moderne znanosti. Većina ljudi koji su bili pioniri u tome procesu vjerovali su u postojanje Boga; i dok su proučavali nauku, nastojali su otkriti univerzum koji je Bog stvorio i opaziti Njegove zakone i detalje u Njegovom stvaranju.  Astronomi kao što su Leonardo da Vinci, Copernicus, Keppler i Galileo; otac paleontologije Cuvier; pionir botanike i zoologije Linnaeus; i Isaac Newton, koji se smatra najvećim znanstvenikom svih vremena, svi oni proučavali su nauku ne samo vjerujući u Boga već i u to da je sav univerzum Njegova kreacija.5 Albert Einstein, koji se smatra najvećim genijem našeg vremena, bio je jedan pobožni znanstvenik koji je vjerovao u Boga i tako izjavio: 

"Ne mogu zamisliti nekog iskrenog znanstvenika bez dubokog vjerovanja. Situacija se može opisati na slijedeći način: ‘znanost bez vjere je hroma’.6

Jedan od osnivača moderne fizike, njemački fizičar Max Planck je jednom rekao da svako ko ozbiljno proučava znanost mora pročitati frazu napisanu na vratima hrama nauke: "Imaj vjeru." Vjera je suštinski atribut nauke.7 

Teorije evolucije je rezultat materijalističke filozofije koja je izronila sa ponovnim buđenjem antičkih materijalističkih filozofija i postala široko rasprostranjena u XIX stoljeću. Kao što smo naznačili ranije, materijalizam nastoji objasniti prirodu samo čisto materijalističkim faktorima. S obzirom da ona poriče stvaranje u samom početku, ona tvrdi da sve što postoji, bilo živo ili neživo, nije nastalo činom stvaranja, već kao rezultat slučajnosti koja je zatim uspostavila neki red. Ljudski um je, međutim, izgrađen tako da razumije, da gdje god vidi red, da postoji volja koja organizira i stoji iza tog reda. Materijalistička filozofija, koja je u suprotnosti sa ovom osnovnom karakteristikom uma, sredinom XIX stoljeća proizvela je teoriju evolucije.

Osoba koja je postavila teoriju evolucije na način na koji se ona definira danas bio je jedan amater, engleski prirodnjak Charles Robert Darwin.

Darwin nikad nije imao formalno obrazovanje u biologiji. On je samo imao amaterski interes za prirodu i živa bića. Njegov interes podstaknuo ga je da se dobrovoljno pridruži ekspediciji koja je napustila Englesku brodom H. M. S Beagle 1832. i koja je putovala raznim dijelovima svijeta punih pet godina. Mladi Darwin bio je impresioniran različitim vrstama živih bića, naročito određenim zebama koje je vidio na otoku Galapagos. Mislio je da je različitost u njihovim kljunovima uzrokovana njihovim prilagođavanjem sredini. Sa ovom idejom u glavi, on je pretpostavio da porijeklo života i živih vrsta leži u pojmu "prilagođavanja okolini". Prema Darwinu, različite žive vrste nisu stvorene pojedinačno (njih nije stvorio Bog), već potiču od zajedničkog pretka i da su one kao rezultat prirodnih uvjeta postale različite jedne od drugih.

Darwinova hipoteza nije se zasnivala na nekom znanstvenom otkriću ili eksperimentu; međutim, on ju je vremenom pretvorio u pretencioznu teoriju uz pomoć i podršku poznatih materijastičkih biologa svoga vremena. Njegova ideja bila je u tome da pojedina živa bića koja su se prilagodila nekoj određenoj sredini prenose te kvalitete na slijedeće generacije; ti povoljni kvaliteti nagomilali su se vremenom i transformirali tu jedinku u vrstu, sasvim različitu od njezinih predaka. (Porijeklo ovih "povoljnih kvaliteta" nije bilo poznato u to vrijeme.) Prema Darwinu, čovjek je najrazvijeniji rezutat ovog mehanizma.

Darwin je nazvao taj proces "evolucija putem prirodne selekcije". Mislio je da je našao "porijeklo vrsta": porijeklo jedne vrste je druga vrsta. On je objavio te poglede u svojoj knjizi nazvanoj Porijeklo vrsta, putem prirodnog odabira 1859. godine.

Darwin je bio dobro upoznat sa činjenicom da se njegova teorija suočava sa velikim problemima. On je to priznao u svojoj knjizi u poglavlju "Teškoće teorije". Te teškoće, u osnovi, bile su u fosilnim dokumentima, kompliciranosti nekih organa koji se ne bi mogli objasniti slučajnostima (npr. oko), i istinktu živih bića. Darwin se nadao da će te teškoće biti savladane novim otkrićima; međutim, ovo ga nije spriječilo da dâ jedan broj veoma neadekvatnih objašnjenja za neke od njih. Američki fizičar Lipson dao je slijedeći komentar u vezi s Darwinovim "teškoćama":

"Čitajući Porijeklo vrsta zaključio sam da je sam Darwin bio mnogo nesigurniji nego što ga pokušavaju predstaviti. Poglavlje 'Teškoće teorije', naprimjer, pokazuje da je Darwin imao znatnu sumnju u sve to. Kao fizičar, bio sam poprilično intrigiran njegovim komentarom o tome kako je oko moglo nastati."8

Dok je razvijao svoju teoriju, Darwin je bio impresioniran mnogim biolozima-evolucionistima koji su mu prethodili, naročito francuskim biologom Lamarckom.9 Prema Lamarcku, živa bića prenose osobine koje su stekle tokom života sa jedne generacije na drugu i na taj način evoluiraju. Naprimjer, žirafa je evoluirala od jedne vrste antilope tako što je, generacijama, istezala vrat pokušavajući, radi prehrane, dohvatiti sve visočije i visočije lišće. Darwin je tako upotrijebio tezu "prenošenja stečenih osobina" koju je predložio Lamarck kao faktor koji čini da živa bića evoluiraju.

Ali i Darwin i Lamarck su pogriješili jer je u njihovo vrijeme život mogao biti proučavan samo primitivnom tehnologijom i na jednom veoma neadekvatnom nivou. Znanstvene oblasti kao što su genetika i biohemija nisu postojale. Prema tome, njihove teorije morale su se potpuno osloniti na snagu njihove mašte.

Dok je eho Darwinove knjige odjekivao, jedan austrijski botaničar po imenu Gregor Mendel je 1865. godine otkrio zakone nasljeđivanja. O tome se nije puno čulo do kraja stoljeća. Mendelovo otkriće je zadobilo veliku važnost početkom XX stoljeća. To je bilo rođenje genetike kao nauke. Nešto kasnije, otkriveni su struktura gena i hromosomi. Otkriće DNA molekule, u 50-im, koja sadrži genetske informacije, bacilo je teoriju evolucije u veliku krizu. Razlog je bio u nevjerovatnoj složenosti života i ništavnosti evolucionih mehanizama koje je predložio Darwin.

Rezultat ovih otkrića trebao je biti potpuno odbacivanje Darwinove teorije. Međutim, ovo se nije dogodilo, jer su određeni krugovi insistirali na reviziji, obnavljanju i podizanju teorije na jednu znanstvenu platformu. Ovi napori su shvatljivi samo ako primijetimo da iza teorije evolucije stoje ideološke intencije, a ne znanstvena briga.